L'area, nota come Giardino del Capitano, ha forma rettangolare, è delimitata a Occidente dall'edificio del Museo e a Settentrione dall'imponente muraglione che sostiene l'Orto Lapidario. Questo muraglione ricalca verosimilmente l'andamento delle mura urbane della Trieste trecentesca, nelle quali, in corrispondenza dell'ingresso al Museo di via della Cattedrale, si apriva la porta con torre detta di San Lorenzo (la stessa che con ogni probabilità viene poi detta di San Servolo), una delle cinque principali porte della città.
Sui lati Est e Sud l'area del Giardino del Capitano è delimitata da mura con torri molto ben conservate, databili al 1470 o alla prima metà del secolo XVI.

Nel tratto che si innesta sul Museo, l'ampio scavo, condotto tra il 1927 e il 1932, permette di vedere per una quarantina di metri le mura: sono in corsi regolari di pietra arenacea, scandite sul lato interno da una serie continua di archi che sorreggevano i camminamenti. Nell'angolo Sud-Est del Giardino le mura conservano la porta, le torri pentagone e la merlatura. Sono ora fruibili dal pubblico. Le torri e gli archi interni sono stati interrati in seguito ai lavori di consolidamento della metà del Seicento.
Le torri, in origine, dovevano essere internamente vuote, con i loro ripiani collegati da scale.
Sulla linea del Museo correva il terzo lato del quadrilatero murato; aveva un andamento mistilineo con una torre e una rientranza in prossimità della porta di San Lorenzo. Il Giardino del Capitano, addossandosi alle mura, creava uno sperone rettangolare, un giardino fortificato con orti e frutteti, che allo stesso tempo rinforzava come un barbacane le mura civiche e la porta di San Lorenzo.
Secondo alcuni studiosi la costruzione delle mura del Giardino rientra nei lavori di riedificazione della cinta e delle torri ordinati nel 1470 dall'Imperatoreederico III, che nella stessa occasione fece erigere in cima al colle di San Giusto anche la torre con annesso edificio in cui prese residenza, da allora, il Capitano cesareo; ma i ripetuti solleciti (richiesti ancora nel 1483) di portare a termine i lavori sulle mura fanno pensare che l'opera non fu né veloce né forse mai ultimata.
È più facile supporre che la costruzione appartenga alla serie di interventi seguiti alla guerra (occupazione veneta 1508-1509) e al terribile terremoto del 1511: infatti è documentato che dal 1520 il Capitano cesareo Nicolò Rauber fece ricostruire le mura e potenziare il Castello, a cui alla metà del secolo venne aggiunto il bastione detto Lalio, posto proprio a protezione del lato Sud orientale della città, subito a monte del Giardino del Capitano.
Inoltre la forma stessa delle torri del Giardino, che sono pentagone e non più quadrilatere, fa propendere per una datazione al XVI secolo.